Neo Domino City, uma nova cidade evoluida é a maior do mundo, vigiada por seu Diretor, Rex Godwin.
Satélite, o renomeado velho Domino City, é hoje área da cidade eliminação principais resíduos e os habitantes que ali vivem, Satélites, vivem em condições precárias e são proibidos de duelos.
Satélite, o renomeado velho Domino City, é hoje área da cidade eliminação principais resíduos e os habitantes que ali vivem, Satélites, vivem em condições precárias e são proibidos de duelos.
Fudou Yusei, o protagonista principal, construiu uma D-Wheel (usado para a nova forma de duelo, Riding Duels), na esperança que ele possa fugir para Neo Domino City. Estimulado por Jack Atlus para a vingança, o Rei dos Riding Duels, ele consegue escapar e pretende duelar Jack por causa de sua carta especial, Stardust Dragon. No entanto, quando é convocado, juntamente com monstro de Jack, Red Demons Dragon, um Crimson Dragon aparece, junto com uma marca de nascença misteriosa no braço de Yusei.
A partir daqui, Yusei e seus amigos são jogados em um mundo de trevas, do qual devem duelar para fora das trevas e tentar salvar o mundo das forças destrutivas que logo aparecem.
